突然袭向全世界的一个前所未有的大灾难“第二次冲击”。这灾害令接近半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。正当人们以为终于回复和平日子的时候──14岁的少年碇真嗣被父亲召来第三新东京市本作剧情跌宕起伏，精彩瞬间层出不穷。当他正等待迎接时，眼前的山间突然出现一只巨型生物！这是被称为“使徒”的神秘存在