科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光